Den neste alvorlige krisen mellom Sovjetunionen og USA etter Korea-krigen kom i oktober 1962, og hadde sin bakgrunn på Cuba.
Cuba var blitt selvstendig tidlig på 1900-tallet. Regimet var udemokratisk og korrupt, og politiske motstandere ble fengslet, torturert og henrettet. Makthaverne samarbeidet tett med USA. Amerikanske selskaper kontrollerte de to viktigste næringene på øyen; fruktdyrkingen og sukkerproduksjonen. På begynnelsen av 1950-årene brøt det ut et opprør mot Fulgencio Batista, som hadde vært øyens diktator siden 1933. Lederen for opprørerne var Fidel Castro. Han klarte å overta makten i 1959. Kort etter erklærte han at alle større bedrifter, sukkerrør- og fruktplantasjer nå ble overtatt av staten. Dette rammet de amerikanske selskapene og den cubanske overklassen.
I utgangspunktet var det lite som tydet på at Castro ville alliere seg med Sovjetunionen, i stedet så det ut til at det nye styret på Cuba ville være alliansefrie som Sverige og Jugoslavia. Men i USA var det mange eksilcubanere som arbeidet for at Castro måtte styrtes. De fikk støtte av den amerikanske regjeringen. I 1961 prøvde eksilcubanere, godt hjulpet av USA, å sette i land soldater i Grisebukten sør på øyen. Men de tapte, ikke minst fordi befolkningen ikke hadde noe ønske om en gjeninnføring av det gamle styret.
Kort tid etterpå tilbød Sovjetunionen å levere våpen til den cubanske regjeringen. Snart begynte sovjetiske skip å seile til Cuba med militært utstyr. Dette ble nøye overvåket av amerikanske fly. I juli 1962 viste fotografiene at det nå ble lagret en helt ny type våpen som aldri tidligere hadde blitt observert på Cuba. Det ble raskt slått fast at det dreide seg om atomraketter. De hadde en rekkevidde som dekte det meste av USA. Et angrep ville kunne skje så raskt at det amerikanske forsvaret ikke hadde mulighet til å reagere.
Den amerikanske presidenten John F. Kennedy var i villrede om hva han skulle gjøre. Han kunne prøve en ny invasjon. De militære lederne stod hardt på at dette var den eneste muligheten. Det ville fjerne trusselen, men det var uvisst hvordan Sovjetunionen ville reagere.
En annen mulighet var å forhandle med Sovjetunionen for å få dem til å trekke tilbake rakettene. Men det ville ta for lang tid. Meldinger fra Europa viste at nye lasteskip hadde forlatt Østersjøen og var på vei mot Cuba lastet med flere raketter. Det måtte handles raskt.
Kennedy valgte å sette i verk en blokade av Cuba. Han erklærte at den amerikanske marinen ville borde alle båter med retning mot Cuba og konfiskere alt militært materiale. Det åpne spørsmålet var om de sovjetiske skipene ville snu. Hvis ikke, hvordan ville de reagere på å bli stanset og gjennomsøkt av amerikanske soldater?
I løpet av konflikten ble det utvekslet meldinger mellom Kennedy og Khrusjtsjov. Men for begge var det et vanskelig spørsmål om de skulle ha noen tillit til motparten i det hele tatt, om meldingene var ekte eller bare forsøk på å tildekke og narre motparten. Etter hvert klarte de å komme frem til et hemmelig kompromiss. Khrusjtsjov gav båtene beskjed om å vende hjem, og han lovet også at de rakettene som allerede var installert på Cuba, skulle trekkes tilbake. Som motytelse lovet amerikanerne at de aldri mer skulle prøve å invadere Cuba. I tillegg skulle de atomrakettene som amerikanerne tidligere hadde stasjonert i Tyrkia, trekkes tilbake.